ऑनलाईन पेपर तपासणीचा घाट घालत पंचेचाळीस दिवसात निकाल लागणे अपेक्षित असताना विद्यापीठाने ह्या कायद्याचे उल्लंघन केले. पेपर तपासणी प्रक्रिया लांबणीवर गेल्यामुळे विद्यार्थ्यांचे नुकसान झाले आहे. विदेशातील प्रमुख विद्यापीठाच्या प्रवेश प्रक्रियेपासून ते वंचित राहिले आहेत.
ऑनलाईन पेपर तपासणीची संपूर्ण माहिती राज्यपालांना दिलेली नव्हती. विद्यापीठाने अनुभवी कंपनीला हे कंत्राट न देता मेरीट ट्रॅक या कंपनीला कंत्राट दिले. ऑनलाईन पेपर तपासणीचे प्राध्यापकांना प्रशिक्षण देण्यासाठी स्वतंत्र यंत्रणा उभारली नाही. महाराष्ट्र विद्यापीठ कायदा मार्च २०१७ मध्ये महाराष्ट्रात लागू झाल्यानंतरही ३ महिन्यांमध्ये कोणत्याही प्रकारची समिती किंवा प्र-कुलगुरू यांची नियुक्ती केली नाही. अजूनही मुंबई विद्यापीठासाठी पूर्ण वेळ परीक्षा नियंत्रकाची नेमणूक कुलगुरू करू शकलेले नाहीत. या सर्व गैरव्यवहारांबाबत ताबडतोब चौकशी व्हावी, अशी मागणी मुख्यमंत्र्यांकडे करण्यात आली आहे.