शिवकालीन प्रशासकीय व्यवस्थेत शिवाजी महाराजांची शिस्त खूपच करडी होती. सरकारी नोकरी वंशपरंपरेने न देता लायक व्यक्तिस द्यावी आणि सरकारी कामकाजात लष्कराचा हस्तक्षेप होणार नाही, याची दक्षता घ्यावी, असे त्यांनी फर्मान काढले होते. निरनिराळ्या खात्यांवर स्वतंत्र प्रधान नेमून त्यांच्याकडून त्या त्या खात्याची कामे करुन घेतली जात असत. रयतेकडून जमीनदारांमार्फत करवसुली न करता सरकारी नोकरांकडून करावी. राज्याचा खर्च भागवून नियमितपणे शिल्लक ठेवावी, असे स्थायी निर्देश त्यांनी दिलेले असायचे. सैन्य भरतीत महाराज स्वत:च लक्ष घालीत असत. प्रत्येक सैनिकाला सर्वप्रकारची हत्यारे हाताळण्याचे व चढाईचे प्रशिक्षण देण्याबाबत ते दक्षता घेत असत. महाराजांच्या फौजेत पराक्रमी सैनिक व सेनानींना खास बक्षिसे व उच्च पदे, पदव्या बहाल करुन त्यांचा गौरव केला जात असे. छत्रपती हे केवळ उत्तम राज्यकर्तेच नव्हे तर कुशल प्रशासक होते.
वीरपुरुषांची मोर्चेबांधणी महाराजांच्या लष्करात अतिशूर लढवय्ये, एकनिष्ठ आणि कुशल सैनिकांचा समावेश असे. घोडदळ व पायदळ हे त्यांच्या लष्कराचे मुख्य विभाग होते. घोडदळात सुमारे दीड लाख, तर पायदळात सुमारे दोन लाख सैनिक होते. सैनिकांमध्ये सेनापती, हजारी, जुमेलदार, हवालदार, नाईक अशी पदे असत. साधेपणा व शिस्त ही महाराजांच्या लष्कराची महत्त्वाची वैशिष्टये होती. राज्याची मदार किल्ल्यांवर होती, हे जाणून महाराजांनी रायगड, पुरंदर, पन्हाळा, सिंहगड, विशालगड, प्रतापगड आदी किल्ले, कोट व जंजिरे उभारुन आपल्या मुलूखांची तटबंदी मजबूत केली. खुद्द महाराज हे किल्ले बांधण्याच्या तंत्रात निष्णात स्थापत्यतज्ज्ञ म्हणून ओळखले जात असत. मोगल व आदिलशहा यांच्या सैन्य संख्येचा तुलनेत छत्रपतींकडे सैन्यबळ कमी होते. तथापि, तरुण पिढीतली कर्तबगार पराक्रमी माणसे हेरुन त्यांना महाराजांनी युद्धतंत्रात पारंगत केले. तानाजी मालुसरे, येसाजी कंक, दाजी जेधे, रामचंद पंत, शंकराजी नारायण, परशराम पंत, गिरजोजी यादव, बंडो बल्लाळ, संताजी घोरपडे, धनाजी जाधव, नेताजी शिंदे आदींच्या समावेश होता. महाराजांचे युद्धनैपुण्य अद्वितीय होते. त्यांनी आदिलशहा, कुतूबशहा, जंजिर्याचा सिद्दी, फिरंगी-वखारवाले, अफझलखान, शयस्तेखान, मिर्झा राजा जयसिंग, औरंगजेब या एकापेक्षा एक बलाढ्य शत्रुंशी समर्थपणे मुकाबला करुन त्यांना नामोहरम केले. मराठा तितुका मिळवावा ही मेघगर्जना करुन महाराष्ट्र धर्म वाढविण्यासाठी महाराजांनी आपले सारे आयुष्य वेचले.
युद्धतंत्र-गनिमी कावा शिवाजी महाराजांना आपल्या मुलूखांचे तंतोतंत भौगोलिक ज्ञान होते. मोगल, आदिलशहा यांच्या तुलनेत सैन्यबळ व शस्त्रसाठा कमी असल्याने ते गनिमी कावा या युद्धतंत्राचा वापर करीत असत आणि त्यात त्यांना जबरदस्त यशही आले.
शत्रुच्या नवनव्या आव्हानांना सामोरे जाण्यासाठी महाराज वेगवेगळ्या डावपेचांचा वापर करीत असत. शत्रुच्या आव्हानाला तोंड देण्यासाठी आपल्या कोणत्या सेनाधिकार्याला केव्हा व कोठे पाचारण करायचे याबाबतच त्यांचे निर्णय अचूक ठरत असत. गडावर वेळ पडली तर गडावरील सैनिकांनी काय करायचे आणि गडाबाहेर असलेल्यांनी काय करायचे, याचे अचूक प्रशिक्षण सैन्याला तसेच गावकर्यांना दिले जात असे. अफझलखानाचा वध, आग्रा भेट, शाहिस्तेखानावर केलेला वार, औरंगजेबच्या कैदेतून शिताफीने केलेली सुटका या ऐतिहासिक घटनांमध्ये शिवबांनी जे यश संपादन केले, त्यात गनिमी काव्याची अहम भूमिका होती. शिवबा हे चतुर व बुद्धिमान योद्धा होते.
नाविकदलाचे निर्माते परकीयांच्या आक्रमणाला आळा घालण्यासाठी सागरी तटालगत किल्यांची गरज ओळखून छत्रपतींनी मालवण बंदरावरील कुरटे बेटावर सिंधुदूर्ग किल्ल्याची उभारणी केली. सिंधुदुर्गसारखा अभेद्य जलदुर्गाची निर्मिती खर्या अर्थाने छत्रपतींच्या अगाध स्थापत्य ज्ञानाची प्रचिती देते. भारत देशाला मोठ्या प्रमाणात सागरी किनारा लाभल्याने सागरीमार्गे शत्रुंची आक्रमणे होण्याची शक्यता ओळखून महाराजांनी नाविकदलाची निर्मिती केली आणि इब्राहिम दौलतखानची त्या दलाचे प्रमुख पदी नियुक्ती केली. आधुनिक शस्त्रसाठा, युद्धनौका, जहाजे, आगबोटींचे बांधकाम सागरी किनार्यावर करुन छत्रपतींनी राज्याच्या संरक्षणासाठी अभेद्य तटबंदी केली. शिवाजीराजे हे नाविकदलाची मुहूर्तमेढ रोवणारे देशातील पहिले राजे होते.
शेतकरी हा राज्याचा अन्नदाता आहे, असा विचार छत्रपती शिवरायांनी रयतेला दिला. छत्रपतींच्या सैन्यात सर्वाधिक शेतकर्यांची मुले होती, हे जाणूनच शेतकर्यांचे हित जपणे हे ते आद्यकर्तव्य मानत. शेतकर्यांना प्रोत्साहन मिळावे, या उद्देशाने शिवबा सर्वाधिक उत्पन्न काढणार्या शेतकर्यांना पुरस्कार देऊन गौरवित असत. अल्पभूधारक व कमी उत्पन्न असणार्या शेतकर्यांना शिवकाळात मोफत बी-बीयाणे पुरविली जायची. याशिवाय शेतीमालाला योग्य किंमत देऊन शेतसाराही किफायतशीर प्रमाणात आकारला जात असे.
पडिक जमिनीची मशागत करणार्या शेतकर्यांना राज्याकडून अर्थपुरवठा केला जात असे. दलालांची प्रथा तर छत्रपतींनी पुर्णत: नष्ट केली होती. बहुजन समाजातील लायक व्यक्तिंना महसूल अधिकारी म्हणून नेमण्याची पद्धत शिवरायांच्या कारकिर्दीतच सुरु झाली. दुष्काळाच्या काळात शिवकाळात शेतकर्यांना शेतसारा माफ करुन त्यांच्या गुरांसाठी मोफत चारा पुरविला जात असे. शेतकर्यांच्या भाजीच्या देठालाही हात लाऊ नये, मोबदला दिल्यशिवाय फळे घेऊ नका, झाडे तोडू नका, असे कडक फर्मान छत्रपतींनी महसूल अधिकार्यांना काढले होते. शेतकर्यांची आर्थिकस्थिती सुधारली तर देशाला संपन्नता येईल, असे मत राजेंचं होतं. म्हणूनच छत्रपती हे रयतेचा राजा म्हणून जनमानसात संबोधले गेले.
परस्त्रीप्रति आदर स्त्री ही कुठलीही असो, प्रत्यक्ष शत्रुच्या मुलखातील जरी असली तरी ती अखेर मातेसमानच असते, असा विचार छत्रपतींनी रयतेला दिला. शत्रुच्या स्त्रियांना सन्मानाने वागवणारा शिवबा अशी जनमानसात त्यांची ख्याती होती. त्यांच्या कारकिर्दीत स्त्रियांना सैन्यापासून तसूभरही भय नसे. एक चारित्र्यसंपन्न राजा म्हणून त्यांची ओळख होती. परस्त्रीचा आदर-सन्मान करणे, हा आमचा राजधर्म आहे, असे हे म्हणत. स्त्रिचा अनादर केल्याबद्दल शिक्षा म्हणून शिवबांनी एका गावप्रमुखाचे हातपाय तोडण्याचे हुकूम बजावले होते. आबाजी सोनदेवने कल्याणच्या सुभेदारची सून महाराजांसमोर पेश केली असता, महाराजांनी लगेचच त्या स्त्रीला सन्मानपूर्वक घरी पोहोचविण्याचे आदेश जारी केले. परस्त्रीविषयी महाराजांच्या मनात नितांत आदर होता.
सर्वधर्मसमभावाचे पुरस्कर्ते शिवकालीन इतिहासात देवळांप्रमाणे मशिदांनाही सरकारी तिजोरीतून अर्थसहाय्य देण्यात येत असे. शिवकालीन धर्म म्हणजे स्वराज्याचे व परंपरेचे रक्षण करुन, रयतेत आत्मविशवास व चैतन्य निर्माण करणे होय. मोहिमेवर असताना मुसलमानांच्या तसेच अन्य धर्मियांचे धर्मग्रंध व धर्मस्थळांचा आदर करावा, असा छत्रपतींचा सैन्यांना हुकूम असायचा. शिवरायांचे धार्मिक धोरण खर्या अर्थाने उदार होते. महाराजांच्या आरमारात दर्यासारंग दौलतखान, इब्राहिम खान सारखे अनेक मुस्लीम अधिकारी होते. इतकेच नव्हे तर, त्यांच्या लष्करात विविध पदांवर 700 हून अधिक पठान कार्यरत होते. राजधर्म हा सर्वश्रेष्ठ धर्म होय, असे ते म्हणत. युद्धभूमीवर सापडलेली कुराणाची प्रत त्यांनी मौलवीकडे सोपविण्याची घटना सर्वश्रुत आहे.
शिवबा हे एक चारित्र्यसंपन्न व परधर्माप्रति सहिष्णुता बाळगणारे राजे होते. उच्च पदावर नेमणूक करताना त्या व्यक्तिची जात-धर्म न पहाता देशप्रेम, राजाप्रती आदर, निष्ठा, युद्धनैपुण्य हे गुणवैशिष्टये परखूनच ते त्या व्यक्तीची नियुक्ती करित असत. सर्वधर्मसमभाव हा मूलमंत्र छत्रपतींनी आयुष्यभर जोपासला. त्याचबरोबर छत्रपतींनी धर्म व राजकारण याची फारकत करुन सर्वधर्मसमभावाची रयतेला शिकवण दिली.